Ich denke, dass dieser Befehl genetisch bei der Erschaffung inplantiert wurde, wie vielleicht andere Befehle auch.
Die Klone wussten gar nicht, dass es den Befehl gab, hätte sie ja vielleicht den Jedis gegenüber verraten.
Das Wort "Order 66" hat dann diesen, wahrscheinlich im Unterbewusstsein...