Ich denke die Klone sind wie schon beschrieben trainiert Befehle auszuführen und "Order 66" macht ja auch was her, tötet die Jedi klingt dämlich und wäre zu auffälig, falls ein Außenstehender das hören würde.
Da die Klone ja Palpatine bzw. dem Imperator gehorchen wird er Ihnen sicher früher...