Ja, die Handlung ist echt extrem verbwoben, man muss schon gut aufpassen um alles zu verstehen, deshalb werden auch hier soviele Threads von den ganzen n00bs aufgemacht.
Crimson hat ja da oben schon so zimlich alles geklärt, es passt einfach alles zusammen: Dooku gibt im Auftrag Palpais eine Armee in Auftrag, die er ja später auch brauchen wird, nach dem KLonkrieg. Dooku führt die Separatisten an- also es gibts Separatisten- ein Grund für Palpa einen Krieg anzufangen und somit eine Armee aufzustellen. Allerdings braucht er dafür die Vollmacht. Padme hätte ihm die Vollmacht wohl nicht so schnell erteilt wie Jar Jar, also verübt er ein Attentat, was Padme dazuzwingt nach Naboo zurückzukehren. Jar Jar vertritt sie und ist einer der Mitschuldigen am Untergang der Alten Republik...
Es ist sehr schwer alles genau hier aufzulisten, am einfachsten sind die Filme eben für die richtigen Fans zu verstehen, da auch eine Menge Anspielungen in Epi II auf die übrigen Episoden enthalten sind.