Erst einmal, Thrawn stammt aus einer Gesellschaft, die streng reglementiert, wenn nicht totalitär ist. Vor diesem Hintergrund käme er besser im Imperium als mit den Rebellen und der Neuen Republik zurecht.
Zweitens, Thrawn vertritt Werte wie Disziplin, Ordnung und ein starkes und stabiles Staatsgefüge, notfalls mit Gewalt durchzusetzen. Mit den Ideen der Rebellion hätte er nichts anfangen können.
Drittens, die Wahrscheinlichkeit, daß die Rebellion sich tatsächlich gegen das Imperium hätte durchsetzen können (ohne einen Macht-Sensitiven Luke Skywalker und einen Han Solo, der plötzlich sein Gewissen entdeckt wäre die Rebellion schon bei Yavin vorbei gewesen, von den Ewoks in RotJ will ich gar nicht reden) ist oder war so unglaublich gering, nicht einmal 3PO könnte das berechnen.
Viertens, Thrawn ist ein Patriot. Selbst als er von seinem Volk verbannt wird, ist es immer noch sein Bestreben es zu schützen. Warum nicht das Imperium dafür benutzen.
Fünftens, leider ist Thrawn auch ein Krieger, der Geschmack hat am Kämpfen und am Siegen. Nicht umsonst sagt Mara über ihn "... Thrawn war immer der Beste. Brilliant und einfallsreich, mit einem unermeßlichen Hunger nach Siegen."
Thrawn selbst sagte einmal. "Es gibt immer noch mehr Welten zu erobern."
Über die Nichtmenschenfeindlichkeit des Imperiums oder des Imperators: Das ist stark übertrieben und Rebellenpropaganda.
Palpatines erster Schüler war kein Mensch.
Palpatines Verbündete in TPM waren keine Menschen.
Sein bester Großadmiral war kein Mensch.
Sein Justizminister war kein Mensch (Hethrir aus "Der Kristallstern").
Der Eigentümer der größten Schifffahrtslinie im Imperium war kein Mensch (Xixor).
Aus der X-Wing-Reihe wissen wir, daß es einen Nichtmenschen-Zweig der imperialen Flotte gibt.