Sicher ist es unlogisch, aber wenn du die Figuren nach Logik einsetzen willst, dann bräuchte man einige Figuren gar nicht erst produzieren.
Yoda Of Dagobah - Meiner Meinung nach nicht logisch, weil er sich zu dieser Zeit aus dem Bürgerkrieg raushält und nur mit Lukes Ausbildung zum Jedi in dieses Geschehen eingreift.
Der alte Obi-Wan: genau das gleiche wie Yoda, obwohl er zusammen mit den klassischen Helden auf Tatooine und auf dem Todesstern mit imperialen Sturmtruppen zu tun hat.
Landspeeder: Was hat der in einer Schlacht verloren?
Aber mit einem Szenario, kann man viel erklären oder begründen, auch wenn es nicht der realen Star Wars Geschichte entspricht. Nehmen wir an, Luke wird auf Dagobah von Yoda ausgebildet und die beiden werden während des Trainings von einer kleinen Gruppe Stormtrooper überrascht.
Oder Obi-Wan, Luke und die zwei Droiden werden auf dem Weg nach Mos Eisley im Landspeeder von einer imperialen Gruppe, Kopfgeldjägern, Schergen Jabbas oder einer Gruppe Tusken-Räuber angegriffen: schon haben beide Spieler ihr Szenario und können ihre Figuren in die Schlacht führen, obwohl das so in den Filmen nie vorkommt.
Unlogisch wäre auch ein Zusammentreffen von Darth Maul und beispielsweise Mace Windu. Oder ein Zusammentreffen von Palpatine und dem alten Obi-Wan.
Oder ein Kampf zwischen Tusken-Räuber und Snowtrooper... Ewoks sind wahrscheinlich auch in vielen Schlachten unlogisch (so wie du es nennst).
Oder warum sollte sich in den Reihen imperialer Sturmtruppen ein Reek befinden? Rein regeltechnisch wäre es machbar, da der Reek eine Fringe-Figur ist. Ok, vielleicht haben die Sturmtruppen ein Monster abgerichtet und setzen es in einem Kampf gegen die Rebellen ein. Aber absolut logisch ist das nicht. Und wenn du nun einen Gegner hast, der sein Squad genauso aufgebaut hat? Willst du ihm dann sagen, dass das Scharmützel nicht stattfindet, weil dir diese Konstellation nicht logisch erscheint?
Unlogisch eigentlich auch die Regel, dass beide Spieler die gleiche Unique-Figur (z. B. Boba Fett) in ihrem Squad haben dürfen, wegen der Chancengleichheit usw. Und man geht halt davon aus, dass der zweite Boba Fett ein anderer Charakter mit genauso guten Fähigkeiten und Werten ist, wie das "Original". Könnte man bei der Luke/Yoda Figur auch so machen. Sicherlich werden da die Fähigkeiten von Luke und Yoda kombiniert (so wie bei R2-D2 und C-3PO aus A&E) und man behandelt diese Figur nicht wie Luke und Yoda, sondern wie einen völlig anderen Charakter mit Fähigkeiten und Werten eines kombinierten Lukes und Yodas.
Aber darum geht es ja nicht. Für die vielen Fraktionen kommen eine Reihe von unterschiedlichen Figuren raus, die man alle einsetzen kann und mit denen man gegen andere Spieler antritt.
Wenn du Szenarien oder Schlachten aus den Episoden nachspielen willst, würde ein Luke mit Yoda auf dem Buckel sicherlich nicht zum Einsatz kommen, das ist klar.
Und natürlich kannst du gerne auf den Erwerb der Figur Luke/Yoda verzichten. Was dir unlogisch erscheint oder nicht gefällt, musst du dir doch nicht zulegen.

Mir ist das völlig egal... wenn die Figur von ihren Fähigkeiten und Werten meinen Squad bereichert oder wenn sie von ihrer Bemalung/Pose gut aussieht (und sich in der Vitrine gut macht), warum sollte ich dann darauf verzichten?
Sicher, es gibt einige Dinge, die irgendwie einfach nicht zusammenpassen, aber darum geht es meiner Meinung nach nicht. Man kann mit den Figuren nahezu alle Kämpfe in den Star Wars Filmen nachspielen (diese werden zum Teil auch in den Ultimate Missions dargestellt) und das würde Sinn machen und wäre kein Verstoß gegen die Logik. Aber den Regeln nach haben wir ein paar Fraktionen und dazugehörige Figuren, die man dann einsetzen kann. Die Figuren werden ungeachtet der stattgefundenen Star Wars Geschichte hergestellt.
Also ich kenne da eigentlich nix. Das einzige, was mir wirklich sauer aufstößt, aber das so gut wie nie vorkommt, ist der Kampf zwischen zwei Squads, die in unterschiedlichen Zeiten im Star Wars Universum vorkommen. Also ein Kampf zwischen Rebellen Allianz und Separatisten. Oder Alte Republik und Youzzhan Vong. Aber bevor man gegeneinander in den Kampf zieht, einigt man sich ja zumeist darauf, welche Fraktionen gegeneinander antreten sollen und da kommen solche "unmöglichen" Konstellationen eher selten vor.