Weil rot die Farbe des Bösen ist. Ich erinnere an das Höllenfeuer, den Teufel, Blut, die Kommunisten (sollte man in Anbetracht der Entstehungszeit von Krieg der Sterne nie unterschätzen; in alten Drehbuchfassungen war das sogar noch ein Stückchen deutlicher, und im Radio Drama erzählt Biggs Luke, daß das Imperium begonnen hat, Gebiete in den Kernwelten zu verstaatlichen; es lebe die Bodenreform

), etc. pp.
Wenn Du nach einer universumsinternen Erklärung suchst: das EU in seiner unvergleichlichen Weisheit hat das Gerücht in die Welt gesetzt, die Sith würden grundsätzlich künstliche Kristalle verwenden, während die Jedi natürlich gewachsene verwenden. Und künstliche Kristalle sind aus welchem Grund auch immer rot.
Tja, nun bitte, wem das gefällt.
Die Erklärung, daß die Sith gerne furchterregend wirken möchten und deshalb eine rot-diabolische Farbe wählen, wäre zwar glaubhafter und simpler, aber für das EU vermutlich einen Tick zu unsubtil.