Ääähm... ja.
Also ich versuch da mal Ordnung reinzubringen, du hast da nämlich
einiges durcheinander geworfen.
Also zur Ausgangsfrage: Wer hat die Klonarmee bestellt? Da liefert uns der Film Episode II schon einen Teil der Antwort. Die Kaminoaner (die mit den Fischaugen und dem langen Hals) sagen der Jedi-Meister Sifo-Dyas habe die Armee für die Republik bestellt. Jango Fett, der Kopfgeldjäger auf dessen DNS die Klone basieren, behauptet wiederum, von "einem Mann names Tyranus" angeheuert worden zu sein. Wie wir auch aus den Filmen wissen, ist Darth Tyranus der Sith-Name von Count Dooku.
Aus weiteren Büchern über SW erfährt man, dass Sifo-Dyas tatsächlich kurz nach Episode I ohne das Wissen des Jedi-Rates oder des Senats heimlich die Klonarmee in Auftrag gegeben hat, weil er eine dunkle Zukunft vorausgesehen hat und der Meinung war, dass die Republik eine schlagkräftige Armee bräuchte um sich vor dieser ominösen Bedröhung zu schützen.
Darth Sidious hat das aber spitz gekriegt und denkt sich gleich, das kommt wie gerufen. Deshalb beauftragt er seinen neuen Schüler, Count Dooku alias Darth Tyranus, Sifo-Dyas umzulegen und die Züchtung der Armee heimlich weiter laufen zu lassen. Dooku suchte sich daraufhin Jango Fett als Genspender aus und der Rest lief eigentlich von alleine, immerhin war die Bestellung an sich schon von Sifo-Dyas aufgegeben worden. Dooku sorgte dann unter dem Decknamen Tyranus nur noch für einige Einzelheiten und die Bezahlung. Gesehen haben die Kaminoaner weder Sifo-Dyas noch Tyranus.
Dooku wusste damit natürlich von der Klonarmee, da er aber der Anführer der Seperatisten war tat er so als wüsste er von nichts, da er ja den Bösen Mann auf der Gegenseite spielen muss.
Soviel dazu.
Was die Absichten dahinter angeht, so sei dir nochmal gesagt, falls es dir entgangen sein sollte, dass Darth Sidious und Kanzler Palpatine ein und die selbe Person sind. Der liebe nette alte Kanzler ist in Wirklichkeit ein böser, böser Sith, der die Republik unterwerfen will.
Doch das kann er nicht einfach so machen sondern bedient sich immer wieder mit List und Tücke. Deshalb beauftragt er Dooku mit der Formierung einer Seperatistenbewegung, die eine große Gefahr für die Republik darstellt, damit der Kanzler mehr Sondervollmachten bekommt. Die Klonarmee lässt er heimlich entwickeln, damit er später dann auch eine passende Antwort auf die Armee der Seperatisten hat. Der ganze Krieg wurde inzeniert, um dem Kanzler immer mehr Macht zuzuschanzen und letzlich um die Jedi zu vernichten, wie man in Episode III sieht (Order 66).
Der Grund dass der Kanzler Padme Amidala nach Naboo geschickt hat, ist der, dass Padme Anführerin derjenigen Senatoren war, die sich gegen eine Aufstellung einer republikanischen Armee ausgesprochen haben. Damit war sie eine Gefahr für seine Pläne, da sie es unter Umständen geschafft hätte den Krieg zu verhindern. Deswegen hat er über Dooku auch die Attentate auf sie ausführen lassen.
Wenn der Kanzler also geschockt oder unwissend aussieht, kannst du davon ausgehen dass er nur schauspielert, um die Maskerade als harmloser friedliebender Kanzler, der vom Senat gerade zu gedrängt wird die Notstandsvollmachten anzunehmen, aufrecht zu erhalten.
Und zu Episode III, nun der Kanzler war ein Gefangener auf dem Stuhl - man sieht auch seine Energiefesseln - und war es auch gleichzeitig wieder nicht. Er ließ sich absichtlich von den Seperatisten entführen (bzw gab als Darth Sidious General Grievous den Auftrag, den Kanzler zu entführen), weil die Jedi auf Coruscant mit verschiedenen Hinweisen auf der Spur des mysteriösen Darth Sidious waren (ohne zu wissen dass es der Kanzler ist) und sind ihm schon gefährlich nahe gekommen. Seine Entführung diente also als Ablenkung. Dooku war natürlich eingeweiht und deshalb war der Kanzler zu diesem Zeitpunkt, wo er gefesselt auf dem Stuhl saß, nicht wirklich in Gefahr.
Das alles kann man sehr schön im Roman "Labyrinth des Bösen" nachlesen, dort wird so ziemlich alles bezüglich der Bestellung der Klonarmee und Dookus Übertritt zur Dunklen Seite erklärt. Ebenso schildert das Buch die Handlung kurz vor Episode III inklusive der Entführung des Kanzlers, also eine gute Einleitung zum Film.
Und in episode III dann ist es auch komisch dass er auf dem Schiff der separatisten war. Denn eins ist sicher, er war auf diesem Thron kein gefangener 
