Der Film beginnt mit einem Überfall der Ghost und der aus dem Staffelfinale von Staffel 1 bekannten Rebellenflotte auf einen imperialen Konvoi, mit dem Ziel Schildgeneratoren zu erbeuten. Unerwartete Verstärkung kann auch nichts mehr am erfolgreichen Ausgang der Mission ändern, nur müssen unsere Rebellen feststellen, dass der Konvoi gar keine Schildgeneratoren mit sich geführt hat.
Zurück auf Lothal spürt Maketh Tua die Unzufriedenheit Vaders darüber, dass die Rebellen ungehindert agieren können und sie das Problem als verantwortliche Ministerin nicht in den Griff bekommt. Sie soll am nächsten Tag zu einer Unterredung mit Gouverneur Tarkin erscheinen und versteht sehr deutlich, dass dies ihre letzte Unterredung überhaupt werden könnte.
Bei der Nachbesprechung der Rebellen-Mission, bei der erste Anzeichen deutlich werden, dass Kanan damit Probleme hat, Teil eines militärischen Apparates zu sein, stürmt Chopper mit einer Botschaft der Ministerinin den Besprechungsraum. Sie bittet die Rebellen um Hilfe und bietet im Gegenzug eine Liste mit unter Beobachtung stehenden Rebellen-Sympathisanten an. Unsere Helden wittern zwar eine Falle, entschließen sich demokratisch dann aber doch dafür, wieder nach Lothal aufzubrechen, das mittlerweile unter starker imperialen Okkupation steht.
Nett zwischen Holoanruf und Aufbruch ist eine kurze Szene mit Kanan und Hera, die an Han und Leias Streitgespräch auf Hoth erinnert: Während Hera glücklich ist, innerhalb einer größeren Gemeinschaft zu agieren und den Wert militärischer Abläufe kennt, sehnt sich Kanan danach zurück, allein mit seinen Ghost-Kollegen unterwegs zu sein. Kanan erinnert sich noch, was der letzte Krieg den Jedi angetan hat und will etwas derartiges nicht noch einmal erleben.
Dennoch geht es danach zurück nach Lothal, wo die Rebellen zwar Maketh Tua finden, aber gleichzeitig den Sturmtruppen in die Arme laufen, die - durch die Überwachungsarbeit von Agent Kallus gewarnt - den Rebellen eine Falle gestellt haben. Die Ministerin schafft es mit Mühe und Not noch in ihre Raumfähre, die jedoch kurz darauf explodiert. Den Rebellen bleibt nichts anderes übrig, als die Flucht anzutreten.
Dann allerdings tauchen Vader und weitere Sturmtruppen auf: Kanan und Ezra stellen sich Vader in den Weg, der mit den beiden Jedi jedoch keine Probleme hat. Nur das gemeinsame Eingreifen der Rebellen kann Vader kurzzeitig aufhalten, während Chopper den Transporter zur Rettung herbeifliegt, mit dem die Rebellen auf Lothal gelandet sind. Auf der Flucht schießt Sabine auf Vader, der ihre Schüsse jedoch mit Leichtigkeit abwehrt und auf sie zurücklenkt. Auch Kanan wird von Vader leicht verletzt. Im letzten Moment entkommen die Rebellen. Für einen Moment.
Schon einen Wimpernschlag später eröffnet ein Kampfläufer des Imperiums das Feuer auf den Transporter und trifft ihn: Die Rebellen stürzen in den Straßen der Stadt ab und verstecken sich kurz darauf im Haus von Ezras Eltern, während das Imperium die Nachricht verbreitet, die Rebellen hätten die Ministerin ermordet.
Während das Imperium auf Vaders Befehl den ganzen Planeten hermetisch abriegelt, planen die Rebellen ihre Flucht: Sie hoffen, im imperialen Komplex ein Schiff zu stehlen, da dort aufgrund der verstärkten Patrouillentätigkeit des Imperiums mit den wenigsten Truppen zu rechnen ist.
Wie ernst ihre Lage ist, merken sie schon kurz darauf, als das Imperium Ezras Zuhause angreift und sprengt: Die Rebellen entkommen zwar noch, doch nun ist ihnen endgültig klar, dass sie Lothal dauerhaft verlassen müssen. Eine Rückkehr nach Hause gibt es für Ezra nun nicht mehr.
Der Angriff auf den imperialen Komplex verläuft erfolgreich: Die Rebellen stehlen nicht nur eine leichte Fähre, sondern auch 6 Schildgeneratoren und entkommen für eine Weile. Sie wissen allerdings, dass sie keine Chance haben, mit dem faktisch nicht gepanzerten und unbewaffneten Schiff die imperiale Blockade zu durchbrechen.
Um die Rebellen weiter unter Druck zu setzen und zu verängstigen, befiehlt Vader Tarkin Town niederzubrennen. Die Rebelen können nichts unternehmen und müssen die Bewohner der Stadt in Gefangenschaft zurücklassen, um sich dem größeren Ganzen zu widmen.
Rettung in der Not soll ein Schmuggler bieten, der sich mit dem Transport illegaler Güter auskennt: Lando Calrissian. Im Tausch gegen 3 Schildgeneratoren stellt er den Rebellen die Dienste seines Droiden und sein gelagertes Material zur Verfügung. Damit baut Sabine Sender, die das Signal der gestohlenen Fähre kopieren. Der Trick funktioniert: Das Imperium erkennt zu spät, hinter welchem Signal sich die Fähre verbirgt, und die Rebellen entkommen erfolgreich in den Hyperraum.
Die Freude über ihre Flucht ist jedoch nur von kurzer Dauer: Vader hat einen Peilsender in der Fähre verborgen, der den Dunklen Lord direkt zur Rebellenflotte bringt. Es folgt der Beginn einer Raumschlacht, bei der Vader allein in seinem Jäger gegen die A-Flügler-Geschwader der Rebellen, die Ghost und die Blockadebrecher antritt - und gewinnt. Das Flaggschiff der Rebellen und die Mehrzahl der A-Flügler kann Vader durch seine überlegene Flugtechnik zerstören, Ahsoka und die Rebellen verwenden daraufhin die Ghost dazu, Vader vom Flaggschiff wegzulocken, wo zögerlich die Evakuierung anläuft.
Um den Dunklen Lord endgültig auf ihre Fährte zu locken, nutzen Kanan und Ahsoka die Macht, mit der sie sich voll auf Vader konzentrieren. Der Plan geht auf: Vader erkennt, wer in der Ghost sitzt - Snips nämlich -, und auch Ahsoka wird offenbar klar, wer da hinter ihr her ist.
Während imperiale Sternzerstörer eintreffen, gelingt der Rebellenflotte abermals die Flucht in den Hyperraum. Die Rebellen besprechen sich danach mit Ahsoka: Alle fragen sich, wer hinter diesen Gefühlen von Furcht, Zorn und Hass stecken könnte, und Ahsoka behauptet, es auch nicht zu wissen. Dabei starrt sie in Erinnerungen verloren vor sich hin.
Am Ende der Folge nimmt Vader per Hologramm Kontakt mit seinem Meister auf und informiert ihn darüber, dass die Schülerin von Anakin Skywalker noch am Leben sei. Der Imperator sieht das als Chance, weitere überlebende Jedi aufzuspüren, und Vader hofft, dass sich auch Kenobi darunter befinden könnte. Fürs erste aber wird entschieden, weitere Inquisitoren ins Spiel zu bringen. Die Zukunft der Rebellen sieht also eher düster aus, doch gemeinsam hoffen sie, Vader und dem Imperium Paroli bieten zu können.
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