Es sind drei Jahre seit „JW: Rescue“ vergangen.
Owen, Dr. Grant, Zora und Darius werden gemeinsam in eine alte Lagerhalle gelockt. Dort treffen sie auf eine Gruppe, die sich als radikale Dinoschützer zu erkennen gibt.
Man erzählt ihnen, dass Dr. Wu gar nicht weggesperrt sei, sondern er auf Nubla eine Forschungsgruppe leite, wo er den alten Traum, Dinos, als Waffe zu benutzen, endgültig verfeinert und zum Abschluss bringt. Zora und die anderen werden aufgefordert, einen großen Trupp Bewaffneter Dinoschützer auf Nubla anzuführen, Beweise zu sichern, die Forscher festzusetzen und so der Gruppe Dinoschützer die Möglichkeit zu geben, mit diesen Beweisen an die Öffentlichkeit zu gehen. Ausgewählt wurden sie, weil sich Owen, Grant und Darius gut auf Nubla auskennen und sie alle für die Sache der Dinos einstehen würden. Zora ist als erfahrene Söldnerin, die auch schon reichlich Umgang mit Dinos hatte, als Anführerin der Gruppe dabei. Die Gruppe weigert sich, auf das Angebot einzugehen und verweist darauf, dass das Sache der Regierung sei.
Daraufhin wird ihnen eröffnet, dass man ihnen liebe Personen (Claire, Duncan, Dr. Settler, Ben) entführt habe und sich auch nicht an die Regierung wenden könne, weil man davon ausgehen müsse, dass diese da mit drin steckt und man generell bei keiner offiziellen Stelle weiß, ob man diesen trauen könne. Man macht ihnen deutlich, dass diese Gruppe den Schutz der Dinos weit über sie und ihre Angehörigen stellt.
Zähneknirschend stimmen alle zu und die Truppe gelangt nach Nubla. Dort treffen sie auf allerlei Dinos (mit den üblichen Verlusten) – und auch auf Blu (von der Owen glaubte, sie sei ganz woanders), Bumpy und den Original T-Rex.
Die Gruppe der Helden wird daraufhin noch misstrauischer als sowieso schon, aber es wird weiterhin mit der Ermordung ihrer Lieben gedroht. Schließlich schaffen sie es, in den Forschungskomplex einzudringen und alles scheint so, wie man es ihnen angekündigt hat. Wu ist tatsächlich mit einer Gruppe Forschern vor Ort und alle scheinen in Feierlaune zu sein.
Ohne zu zögern eröffnen die Söldner das Feuer auf die Wissenschaftler, die Helden wollen das verhindern, es kommt zum Kampf. Im Getümmel entkommt Wu mit einem Kollegen und einem Datenstick und flieht in den Dschungel, die Helden werden festgesetzt.
In Zwischenschnitten hat man immer wieder gesehen, wie Elli, Claire, Duncan und Ben an ihrer Flucht arbeiten. Nun sieht man wie sie es schaffen.
Die Helden sind eingesperrt, der Anführer der angeblichen Dinoschützer kommt und zwingt sie mit dem Hinweis auf die Geiseln erneut, ihnen bei der Suche nach Wu (im für sie bekannten Terrain) zu helfen.
Die Angreifer erhalten derweil den Funkspruch, dass die Geiseln entkommen sind, einer der Helden bekommt das durch Zufall mit.
Sie „helfen“ nun den Söldnern bei der Suche nach Wu, indem sie ihr Wissen über die Insel nutzen, um die Angreifer langsam durch Dinos dezimieren zu lassen. Als man sie durchschaut, fliehen sie, die Gruppe der Angreifer ist immer noch recht groß, sie sprengen das Forschungsgebäude.
Schließlich treffen sie auf Wu (irgendein Ort, an den sich einer der Drei erinnert) und er erzählt ihnen die Wahrheit:
Das ursprüngliche Virus hatte sich unterschiedlich auf die Dinos ausgewirkt. Manche starben schnell, andere lebten (wenn auch geschwächt) noch Monate und Jahre, was wohl zwar nicht beabsichtigt gewesen war, aber das Narrativ vom natürlichen Aussterben natürlich unterstützte. Es gab aber auch eine verschwindend kleine Gruppe an Dinos, die komplett immun war: Tiere, die in den Originalparks entstanden sind. Diese hatte man eingesammelt und nach Nubla verbracht, wo sie mit den anderen dort überlebenden Dinos als Forschungsobjekte dienen sollten, an denen man herausfinden wollte, was diese Tiere so immun gemacht hatte.
Wu, der dort ebenfalls mithelfen sollte, hatte seine Daten aber schon zerstört und sich auch geweigert, erneut an Dinos zu arbeiten, noch bevor man ihm gesagt hatte, um was genau es ging. Ohne seine Daten war das Interesse von Seiten der Regierung offensichtlich nicht groß genug, um ihn zu zwingen.
Nach den Ereignissen aus Teil 8 hatte man ihn allerdings gezwungen, zudem sei um die Zeit herum auch entdeckt worden, dass sich die geheimen (und nach den Ereignissen nach Teil 7 öffentlich abgestrittenen) Befürchtungen bezüglich des Ursprungsvirus bestätigt hatten. Das Virus war mutiert und hatte einen Großteil der Menschen infiziert. Anders als bei den Dinos, hatte er eine sehr lange Inkubationszeit, allerdings deuteten alle Daten und erste Todesfälle darauf hin, dass binnen des nächsten Jahrzehnts die Menschheit weitestgehend daran zugrunde gehen würde. Alle bisherigen Versuche, einen Impfstoff/ein Heilmittel zu finden waren fehlgeschlagen. Die Forschung an den „Originals“ auf Nuba war die letzte Hoffnung gewesen, noch rechtzeitig ein Mittel zu finden. Wus Anwesenheit hatte einige Durchbrüche gebracht und vor etwa sechs Monaten hatte man sich erstmals Hoffnung machen können, dass man ein Mittel finden würde. Natürlich waren diese Infos streng geheim, aber dennoch hatte ein radikaler Dino-Freund (und Menschenhasser) diese Information an die Dinoschützer durchgesteckt. Die waren nach den Ereignissen der letzten Jahre dermaßen radikalisiert, dass sie genug Mitstreiter fanden, um den Plan umzusetzen, Wu und seine Gruppe auszuschalten, die Ergebnisse zu zerstören und den Planeten somit den Dinos als dominante Spezies wieder „zurückzugeben“.
Kurz bevor die Helden und die Dinoschützer Wus Gruppe im Labor erreicht hatten, war den Forschern der Beweis gelungen, ein funktionierendes Heilmittel hergestellt zu haben. Wu hatte die nötigen Daten auf dem Stick, den er mitgenommen hatte und nachdem die restlichen Dinoschützer den Forschungskompelx in die Luft gejagt haben, ist es der letzte Datensatz zur Rettung der Menschheit.
Sie werden von den Dinoschützern aufgespürt und es kommt zum Endkampf. Die Helden schaffen es auch die Dinos in den Kampf zu ziehen. Rexi ist es am Ende vergönnt, mit einem herzhaften Biss den letzten Dinoschützer daran zu hindern, den Stick zu vernichten.
Ach ja, die Menschheit ist gerettet.