Ich unterscheide zwischen externen und internen Feinden, weil die beiden einfach etwas ganz Anderes und wenig Vergleichbares sind:
Extern:
1) Borg: Einfach eine Naturgewalt, die Space Zombies.
Im Gegensatz zu vielen anderen sehe ich auch die Einführung einer Königin als keinen Fehler, zumal ihr Tod ja ganz offensichtlich nicht gleich das ganze Kollektiv lahmlegt (auch wenn First Contact und Endgame das für sich jeweils nahelegten). So wie ich mir die Originstory der Borg denke handelt es sich bei der Rasse zudem um eine mit einer sehr tragischen Geschichte.
2) Dominion: Ein überlegener und kaltblütiger Gegner, aber oft mit einem sehr subtil drohenden Auftritt im Vergleich zu den doch häufig sehr polternden Klingonen und Romulanern. Eine sehr bedrohliche und Gänsehaut bringende Mischung. Die Motivation der Gründer ist zudem, wenn ihre Taten natürlich absolut zu verurteilen sind, ist die Motivation (Sicherung des eigenen Überlebens) aus ihrer Sicht im Ansatz nachvollziehbar.
3) Romulaner: Die meiner Meinung nach "realistischste" Feindfraktion: Selten bis nie offene Feindseligkeiten, die konkrete Stärke bleibt eigentlich immer um Unklaren und man weiß nie woran man mit ihnen ist. Auch schön, dass man immer wieder sieht, dass es auch unter ihnen nicht nur Feinde gibt, sondern auch immer wieder Olivenzweige in Richtung Föderation angedeutet werden. Letztlich werden sie ja auch Mitglieder.
4) Cardassianer: Ein bisschen zu sehr und offensichtlich Space Nazis, aber ähnlich wie die Romulaner auch vielschichtig, wenn immer wieder auch Gegner des Systems gezeigt und thematisiert werden.
5) Spezies 8472: Mal was ganz Anderes, aber dadurch, dass man kaum etwas von ihnen bzw. ihrer Kultur erfährt, kommen sie gar nicht richtig als eigenständige Zivilisation rüber und sind sehr gesichtslos. Die Ausnahme mit der VOY-Folge, in der sie die Akademie nachbilden, reicht mir da nicht.
6) Klingonen: Sind mir zu einseitig und heuchlerisch: Auf der einen Seite soll Ehre über alles gehen, auf der anderen Seite bedient man sich dann doch auch häufig List und Intrigen. Zudem sind sie nicht nur optisch inkonsequent (das wäre mir noch egal), auch charakterlich haben die Klingonen aus TOS (Filme ausgenommen) nur wenig mit den späteren gemeinsam, hier sind sie mir zu sehr dümmliche Abziehbilder von Feinden. Insgesamt ist mir das zu unausgegoren, abgesehen sind sie für einen großen Teil der Laufzeit gar keine Feinde mehr.
Intern:
1) Maquis: Absolut nachvollziehbare Motivation, verständliches Vorgehen, tragische Geschichte. Ein ganz starker Erzählstrang über drei Serien. Für meinen Geschmack hätte man nur in VOY mehr draus machen müssen.
2) Sektion 31: Wenn es sie nur DS9 und ENT gegeben hätte, wäre Sektion 31 mein absoluter Favorit: Ein Geheimdienst, der (un?)bekannt für die Föderation die Drecksarbeit erledigt, ohne die sie ihre weiße Weste nicht behalten könnte. Top! Discovery hat da viel kaputt gemacht, indem Sektion 31 da viel zu offen auftritt. Die Erwähnung in PIC verzeihe ich, da es ja möglich ist, dass die Machenschaften seit DS9 aufgedeckt worden sind.